Après l’enquête, les agents rédigent un rapport qu’ils transmettent à l’autorité de sécurité qui décidera en définitive de l’octroi ou du refus de l’habilitation de sécurité. En règle générale, il s’agit de l’Autorité nationale de sécurité (ANS), dont le secrétariat relève du SPF Affaires étrangères. En revanche, lorsque l’habilitation de sécurité concerne une personne qui travaille au sein de la Sûreté de l’État ou pose sa candidature à une fonction au sein de ce service, c’est l’administrateur général de la Sûreté de l’État qui décide d’accorder ou non l’habilitation. Lorsque la personne concernée relève du ministre de la Défense nationale ou postule à un emploi au sein du ministère de la Défense nationale, cette compétence revient au responsable du Service général du renseignement et de la sécurité (SGRS).

L’habilitation de sécurité est en principe valable cinq ans. L’autorité de sécurité peut toutefois limiter la durée de l’habilitation. Après cette période, une nouvelle enquête de sécurité complète sera menée. Il se peut également que le service de renseignement vérifie avant le terme du délai certains éléments de la vie privée de la personne concernée. Au besoin, elle peut recommander à l’autorité de sécurité de retirer avant terme l’habilitation.