Une « enquête de sécurité » est effectuée avant l'octroi de l'habilitation de sécurité. Pour les militaires et les entreprises qui souhaitent exécuter ou exécutent des contrats dans le domaine militaire, cette enquête est menée par une section spéciale du service de renseignements militaire, le SGRS. Dans toutes les autres situations, l'enquête est confiée à des agents spécialement désignés au sein de la Sûreté de l'État. La durée et la portée de l'enquête de sécurité dépendent du niveau de sécurité requis (accès aux données confidentielles, secrètes ou très secrètes). Pour une habilitation de niveau « TRÈS SECRET », l'enquête peut prendre entre six et neuf mois. Ce délai peut être prolongé si le demandeur a séjourné à l’étranger. Pour vérifier la fiabilité du demandeur, les enquêteurs peuvent consulter une multitude de fichiers publics qui donnent une idée de la situation judiciaire, administrative, financière et sociale de la personne concernée. Ils peuvent non seulement consulter les fichiers existants mais aussi effectuer une enquête complémentaire (enquête auprès du voisinage, de l'employeur...). Dans ce cadre, le conjoint et les autres personnes majeures qui cohabitent avec le demandeur peuvent également faire l'objet d'une enquête.